清末中国近代海军军旗图鉴

1888年之后的新国旗，代北洋海军军旗在北洋海军的根本制度法《北洋海军章程》中，对其使用的海军军旗并未制定新规，只是着重确立而已，其惟有的变化是对海军使用的军舰旗有所变动。称各国的国旗、军旗形式以长方为贵，斜长次之”，中国以三角龙旗作为海军军舰悬挂的国旗极为不当，应改为长方形龙旗。1889年，经天津军械局重新设计，长方形的龙旗正式颁折。旗面整体为黄色羽纱制成，中间用蓝色羽纱镶嵌出飞龙图案，头向上。

北洋水师时代提督旗北洋水师提督所乘的军舰悬挂，左上角是一个白色长方区域，中间缝有竖立的海军锚图案，这个区域之外，则完全是传统统水师五方旗的设计，即从上至下罗列黄、白、黑、青、红五色。

北洋海军鱼雷艇统领旗早在北洋水师创建时代，北洋大臣李鸿章即热心于购入鱼雷兵器，至北洋海军成军，辖下拥有了多达10余艘各型鱼雷艇。因为鱼雷艇部队作战样式的特殊性，虽然名义上隶属下北洋海军编制，但在具体管理上，则单独编队，以旅顺为基地，分离于北洋海军的主力舰队而存在。因这种特殊性，北洋海军军旗系统中出现了单独的鱼雷艇队统领旗，用于鱼雷艇队。

北洋海军提督旗新版提督旗与北洋水师时代督旗的主要区别是左上角白色方块区域内的装饰，取消了原先的立链医案。而改成等级更高的团龙图案。提督卖的尺寸共分为5号。分别适用提督来坐不同的军舰;

北洋海军队长旗队长旗的作用，类似北洋水师时代的军官旗，即当提督不在舰船编队中时，拍任指挥地位的军官所乘坐的军舰悬挂这面旗帜，以作号召。但是北洋水用时代的队长旗旗面图案与提各都过于接近，远距离时容易识别混淆。英国方面向清政府提交了改良方案，即燕尾四色旗，在北洋海军中得到了运用采纳。1894年黄海海战后期，北洋海军“靖远舰代升的收队旗，就当是这种旗帜。

大官乘舰旗大官旗是北洋海军军旗系统中颇有特点的旗帜，其用途在除海军之外的分政(道员以上)和陆军高级官员(总兵以上)乘船时悬挂，用以表明等级。这种旗帜在中国传统水师中就有使用，即称为五方旗的五色旗。

天后旗妈祖崇拜，在中国由来已久，海上船只和沿江海居民祭祀妈祖是一种非常普遍的海神崇拜现象。北洋海军虽然大量采用西式制度，但保留了妈祖崇拜这一传统信仰，在山东庙岛的妈祖庙中即可追寻到北洋海军祭祀妈祖的遗迹。由此，北洋海军的军旗系统中，有一面和当时中国民船所用一样的天后旗。该旗红色，上缝黑字“天上圣母”，用于在每个月的农历十五，以及妈祖娘娘的祭日在舰上悬挂。